Dans certains contextes des pays du Sud de nombreux aliments sont produits par fermentation lactique naturelle (spontanée). En sus des effets santé reconnus pour les bactéries lactiques, certaines sont particulièrement intéressantes pour leur capacité à hydrolyser in situ des composés antinutritionnels comme les phytates et les α-galactosides, mais aussi à hydrolyser les amidons.

En dépit de l’importance des aliments fermentés tropicaux et de très nombreux travaux descriptifs sur leur microbiote, une analyse de la littérature montre qu’il n’existe que très peu de bases conceptuelles permettant d’expliquer d’une part, les interactions au sein des différentes populations microbiennes constitutives du microbiote et, d’autre part, les interactions de ce microbiote avec les matrices alimentaires. Le développement des méthodes moléculaires appliquées à l’écologie microbienne des aliments, dont notre groupe a été l’un des précurseurs, permet maintenant des approches génériques basées sur l’exploration du microbiome des aliments par des méthodes dites « cultures-indépendantes » en complément aux méthodes classiques. Ainsi, dans le prolongement de travaux antérieurs, un intérêt particulier est accordé à l’étude de la diversité microbienne en relation avec les propriétés fonctionnelles des aliments fermentés, notamment sur l’effet de la fermentation sur la digestibilité des amidons et la disponibilité en micronutriments.

Les programmes :

• Analyse fonctionnelle de la diversité microbienne
• Microflore lactique et digestibilité des amidons
• Potentialités pro- et prébiotiques des aliments amylacés fermentés

Projets de recherche en cours :

Projet Corus Madagascar-France
Projet européen INSTAPA : http://www.instapa.org
Projet Nutrimad : http://www.ird.fr/madagascar/activites/nutrimad.htm
Projet Volubilis Maroc-France